Вот собственно лог FlashTool:
20/024/2016 11:24:13 - INFO - Scanning devices folder for changes.
20/024/2016 11:24:34 - INFO - Pulling changes from github.
20/024/2016 11:24:35 - INFO - Devices sync finished.
20/024/2016 11:24:39 - INFO - Selected Bundle for Sony Xperia Z1 (C6902). FW release : 14.6.A.1.236. Customization : Customized RU
20/024/2016 11:24:39 - INFO - Preparing files for flashing
20/024/2016 11:24:39 - INFO - Device disconnected
20/026/2016 11:26:48 - INFO - Please connect your device into flashmode.
20/027/2016 11:27:01 - INFO - Device connected in flash mode
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Opening device for R/W
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Reading device information
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Phone ready for flashmode operations.
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Current device : C6902 - BH900DDF15 - 1276-3106_R4D - 1272-6084_14.6.A.1.236 - GLOBAL-HSPA_14.6.A.1.236
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Start Flashing
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Processing loader.sin
20/027/2016 11:27:02 - INFO - Checking header

ну и на этой строчке висит бесконечное число времени, подскажите в чем может быть проблема?
висяк присутствует в любой из версий FlashTool

Проблема оказалась в USB кабеле.