Собственно не работает первый слот pci-e x16. Остальные все работают. Не работает даже в режиме х1. Линии все поменял мультиметром - отклонений нет. Северный мост?

Ха! Дело не в "севере".
Накрылся "полевик" на ресет для первого слота PCI-E x16. Т.е. ресет был снят до инициализации. Что приводило к его (слота) нерабочести. Я бы не нашел эту неисправность, если бы этот полевик в какой-то момент не пробило наглухо, и он не сажал бы ресет на землю.