Сопротивление между выводами выпаянной шим так и осталось низким, а именно между GND и 3-им. VCC контактом 2 Ом, а между GND и 39 VCC контактом 25 Ом. Это нормальное сопротивление, или микросхема вышла из строя?

1. будьте внимательны, 3-й вывод VCC - для CHL8326, не для CHL8328.
2. сопротивление маловато, но - непонятно, какой именно вывод вы имели в виду, в каком режиме это измерялось, надеюсь, измерения велись на обесточенной плате.
3. не понял ваше про "микросхема вышла из строя" - вы про что, если пишете, что она выпаяна?

Отдельные две фазы это напряжение встроенного в проц северного моста, +VDDNB, оно должно быть 1-1,5в, трудно разобратся без схемы, но на сайте есть обобщённая схема и бордвейв платы, что тоже помогает. Была в ремонте недавно такая плата, пришлось заменить процессорный сокет и северный мост. Мост можно проверить по сопротивлению по линии питания, должно быть выше 20Ом при комнатной температуре.