Суть вопроса - в сабже.

Раньше, когда были слоты PCI, вставлял туда затычку, а в основной разъем для видяхи (AGP или PCI-Ex) - трупик, загружал компик и шил из командной строки, не боясь, что что-то запорется.

Можно ли также сейчас делать, втыкая затычку и трупик - обе в PCI-Ex? Трупик - повыше к процу, конечно же.

Можно посмотреть список команд программы прошивальщика, где явно будет возможность указать номер конкретного устройства на шине, которое нужно прошить.

Большинство прошивальщиков проверяют ID устройства и прошивку и не прошьют не свое.