А кулер так с перерывами какое время работает?
Всмысле сколько ждать пробовали? (попробуйте подождать. Если температура поднимется а кулер не сработает то плата выключится сама от защиты).
На холодную обычно кулер включается только когда поднимается температура.
Если кулер вредничает то Биос бы желательно прошить на последний. (программатором)