Между источником питания и потребителем располагаются провода и разъемы. При высоком токе, сопротивление проводов приводит к критичному занижению напряжения на потребителе. Для решения данной проблемы, контроль за напряжением выносят непосредственно к самому потребителю. 3.3VS это и есть провод обратной связи который передает напряжение непосредственно с материнки на стабилизатор в блок питания. Если провод 3.3VS в обрыве, то стабилизатор по линии 3.3V будет поднимать напряжение до предела и ушатает конденсаторы на выходе БП, поэтому в источнике питания между точками 3.3V и 3.3VS обычно ставят резистор для защиты. Сопротивление между выходом стабилизатора 3.3V и непосредственно точкой 3.3VS должно быть нулевым, проверьте. Если это не так значит подключите колодку 24пин к материнке, если и тогда сопротивление не станет нулевым ищите обрыв в проводах.
В некоторых современных БП выносят на материнку контроль за напряжением по всем линиям и даже по GND.

Надо проверить керамику по питанию супервизора, возможно по питанию ловит помеху.

Где логика? Ведь было сказано
Стоит обратить внимание на

Другими словами сравнить осциллограмы 15 и 17 пинов супервизора (в идеале двухканальным осциллографом но скорее всего и по одноканальному станет понятно), да посмотреть внимательно что там с токовым шунтом по сопротивлениям, может пайка деградировала или трещина кольцевая.

Проверил, сопротивление равно 0.
Проделал еще такой эксперимент: отключил от основной платы субмодуль 3,3 и подключил линию 3,3 с внешнего бп на место выхода субмодуля 3,3 на основной плате. Без подключения к тестовому стенду (материнская плата с цпу и видеокартой) к Аэрокулу он заводится и устойчиво работает с внешним питанием 3,3в. Но стоит подключить Аэрокул к материнской плате - старта нет, мало того, не заводится и внешний бп (от которого запитана линия 3,3в Аэрокула). Внешний бп перестает стартовать и в дежурном режиме Аэрокула при подключенной к нему матери, старт внешнего бп в этом случае происходит только при физическом отключении сетевого кабеля питания 220в от Аэрокула. Какой-то характерный симптом, что скажете?

Блоку с групповым дросселем нельзя давать нагрузку чисто по 3,3В каналу, не нагружая при этом по 5 или по 12.

Вроде бы должно хватать материнской платы с цпу, вентилем и видеокартой?

Второй блок у вас получается нагружен чисто по 3,3