Проблема в нестабильной работе. Внезапное выключение или перезагрузка. В ходе тестирования выяснилось отсутствие импульсов на одной из двух фаз питания ядра процессора. ШИМ ncp6131 и драйвер поменял. Не помогло. Ключи целые, в самом начале импульсы в 300 кГц появляются на обоих дросселях. Но через пару секунд на рабочем дросселе
частота импульсов поднимается до 500 кГц, а на втором импульсы полностью пропадают. Подскажите куда ещё копать?

Посмотрите обвязку шима, может при замене чего снесли, под нагрузкой ширина импульса должна расти, а не частота

Частота меняется ещё до инициализации. Так что это связанно не с нагрузкой. С обвязкой все в порядке. Пробовал замыкать pwm сигнал с pwm рабочей фазы. Тогда импульсы на дросселе появляются и вроде все ок, но перед самой инициализацией плата выключается. Видимо срабатывает какая то защита. Думаю попробовать запараллелить затворы мосфетов с затворами мосфетов работающей фазы. Это уже от безысходности...