Посмотрите ШИМ контроллер питания процессора запитан у вас? Или еще может его кто-то когда-то менял и "криво"поставил на место и контакты некоторые не припаяны. По сути он управляет всеми питаниями что вы перечислили +VCC_SA, +VCC_CORE, +VCC_GT.
Еще странно конечно как у вас подымается питание дискретки без питания ЦП
Если не ошибаюсь оно должно в конце подыматься.