При подключении зарядки горит индикатор зарядки аккумулятора, при нажатии кнопки тухнет и тишина.
При переподключении зарядки снова горит до нажатия кнопки.

На кнопке 3,3В есть (от LDO), также на контроллере дежурки (RT8206A) присутствуют сигналы EN1 и EN2, но вместо 3,3В имеем 0,45В, вместо 5В - 0,24. При этом если снять микросхему БИОС - дежурка встаёт в норму (БИОС шился и менялся - результата нет).

RT8206A слегка тёплая, при подключении ЛБП по обоим линиям не чего не греется.

Подскажите куда копать, спасибо.

Очень похоже на кз.Начни с питания usb.

такое поведение может подсказывать что подбита одна из цепей вторичных нагрузок(без биоса ключи коммутации скорей всего закрыты)
надо проверить нагрузку за ключами коммутации 3.3 и 5В (не помню но думаю тут они есть)
---------- Добавлено спустя 31 секунду: ----------

вполне может бить

Действительно, один из USB-портов был в КЗ по питанию, дежурка появилась.