Имеется материнская плата, все работает, но не работают все порты USB в режиме версии 2.0, в режиме 1.1 (или 1.0) работают.
В загруженной ОС виндовс 10 не определяются флэшки, телефон при подключении вообще ребутится.
С линуксом ситуация аналогичная. С usb лайвсиди загрузка идет до определенного момента, затем флэшка отваливается с ошибкой чтения дискриптора код 110.
В биосе флэшки видятся, с загрузочной флэшки можно даже загрузить winPE, но в ней самой флэшку уже не видит (сбой определения дискриптора). Мышь и клава при этом работают.
Предположил, что до запуска окон флэшка работает в режиме v.1, отключил в биосе usb v.2 - все заработало (под виндой).
Питание на usb 5v приходит чистое, смотрел осцилом.
Биос прошит последний с сайта гигабайт F6d (не на программаторе, встроенной в биос утилитой, с usb флэхи).
Видимо какая-то проблема с южным мостом...
Заметил еще, что питание VCC1_5 немного завышено =1.62в. Это вроде не критично.
Куда копать?

Вы сами ответили на свой вопрос, "Видимо какая-то проблема с южным мостом..."

Недавно была плата Gigabyte ga-945gcm-s2c с проблемой не работающих USB портов. В диспетчере задач Unknown Device (код 43). После замены моста драйвер установился и USB заработали. В вашем случае скорее всего мост под замену

Тут по другому. В диспетчере устройств все usb порты корректно определены, драйвера установлены. С тем что мост под замену почти согласен. Но вдруг чего-то не доглядел и кто-то аналогичную проблему решил без замены...

А что еще там может быть ?
Ну разве что esd защита на портах глючит....