Есть мамка d3062-a13, ей нужно только 12в, есть атх блок питания, и если взять 12в то возникнет перекос по 5 и 3,3. есть какие то мысли как убрать перекос? оставив линии 5в и 3.3в для использования с периферией.

Нагрузить канал 5 вольт резистором соответствующих мощности и сопротивления, при котором перекоса не будет.

Плохая идея. Материнка сама вырабатывает 5в и 3.3в из 12. Если подать извне 5в и 3.3в может возникнуть ситуация параллельного соединения выходов источников питания, что чревато катастрофическими последствиями...
Судя по ftp://ftp.ts.fujitsu.com/pub/mainboard- ... 3062-A.pdf
по двум каналам 12в нужно обеспечить по 20 ампер. Обычным блоком ATX тут не обойтись. К тому же 12 вольт нужно равномерно распределить по току по контактам разъема питания на материнке. Нужно еще и напряжение 11 вольт.
Вот один из вариантов http://www.sector.biz.ua/docs/fujitsu_1 ... EnyJ9IzYnQ

Все работает, в плане того что hdd запитаны от блока АТХ, а не от мамки. Просто собираюсь ставить i5 и там будет потребление выше, и хочу избежать проблем, а по поводу 11 все решено, из дежурки stepup на 11.

Ну тут вариантов 3.
1. Донагрузить цепь по +5В.
2. Вообще ее заизолировать и сделать отдельный преобразователь 12В -> 5В.
3. Купить современный БП (на ixbt были недавние обзоры), там цепь +5В подключена не к отводам основного трансформатора, а через отдельный преобразователь к +12В.

решилось фирмеными блоками fujitsu хотя и тот под нагрузкой i5-2500 + gtx550ti только по 12В не делал особого перекоса, все в допустимых границах